Programi se rade kao četvorogodišnji (Program) i godišnji (Plan rada) i predstavljaju jedan od osnovnih zadataka Federalnog zavoda za statistiku, uz izvršavanje glavnog zadatka tj. proizvodnje i diseminacije podataka za Federaciju Bosne i Hercegovine. Zavod Programom određuje statističke metodologije i standarde za realizaciju statističkih programa koji su usklađeni sa statističkim standardima BiH i međunarodnim standardima, uglavnom standardima UN/ECE i Eurostata. Odnosi između Federalnog zavoda za statistiku i drugih ovlašćenih proizvođača statistike u Federaciji Bosne i Hercegovine zasnivanju se na međusobnoj saradnji.
Za svaku oblast statistike priprema se detaljan pregled načina zadovoljavanja zahtjeva, po aktivnostima, rokovima i odgovornim institucijama. Godišnji planovi, takođe, uključuju troškove realizacije programa. Program donosi Parlament Federacije na prijedlog Vlade Federacije, za period od četiri godine. Plan rada donosi Vlada na prijedlog Federalnog zavoda za statistiku, a donosi se za svaku kalendarsku godinu.
Nacrt Programa i Plana rada priprema Federalni zavod za statistiku u saradnji sa ovlašćenim organima i organizacijama uzimajući u obzir potrebe i kapacitete za proizvodnju statistike.
Po isteku kalendarske godine izrađuje se godišnji izvještaj o realizaciji plana rada Federalnog zavoda za statistiku koji se podnosi Vladi Federacije, a po potrebi i Parlamentu Federacije. Izvještaj sadrži i ocjenu stanja u oblasti statistike, prisutnim problemima i teškoćama, kao i prijedlog mjera za rješavanje tih pitanja.